R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子

Stella981
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R语言ggplot2画带有空白格的热图简单小例子

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之前有人在公众号留言问文章开头这幅图如何实现,下面的B图是折线图加柱形图,相对比较容易实现,上面的A图稍微有点复杂,我想到的办法是拼图,图A可以看成三个热图,然后加一个堆积柱形图,最后将四个图组合到一起。那就按照这个思路试一下看能不能实现。

首先画热图

这个热图和常规的还稍微有点不太一样,可以简单的理解为带有缺失值的热图,缺失值是空白格,其他值分别填充颜色。

那我们就按照这个思路来构造数据

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将数据集按照以上格式整理好,存储在csv文件中。

首先是读入数据

df<-read.csv("example_data/ggplot2_heatmap.csv",header=T)

以上数据是宽格式,借助reshape2这个包中的melt函数将宽格式转变为长格式

df1<-reshape2::melt(df)

ggplot2画热图

library(ggplot2) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+   geom_tile(aes(fill=value),color="black")+   theme(panel.background = element_blank())

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这个地方遇到一个问题是缺失值如何给他填充为白色,我想到的办法是给缺失值赋值为0,然后将0,1,2,3离散化处理,然后分别分配颜色

df1$value1<-ifelse(is.na(df1$value),0,df1$value) df1$value1<-as.factor(df1$value1) summary(df1) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+   geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+   scale_fill_manual(values = c("white","red","red2","red4"))+   theme(panel.background = element_blank())

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这样是不是和文章开头提到的图有点像了。

接下来是美化

调整一下y轴的的顺序

df1$A<-factor(df1$A,levels = rev(df$A)) ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+   geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+   scale_fill_manual(values = c("white","red","red2","red4"))+   theme(panel.background = element_blank())

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将X轴放到顶部

ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+   geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+   scale_fill_manual(values = c("white","orangered","red2","red4"))+   scale_x_discrete(position = "top")+   theme(panel.background = element_blank(),         axis.title = element_blank(),         axis.ticks = element_blank(),         axis.text.x.top = element_text(angle = 90,                                        hjust = 0,                                        vjust= 0.5),         plot.title = element_text(hjust=0.5),         legend.position = "none")+   labs(title = "Plant growth and development")

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标题的下滑线如何用代码添加我暂时还不知道,直接出图后手动编辑吧。上面的图还忘记添加文字标签了,下面补上

ggplot(df1,aes(x=variable,y=A))+   geom_tile(aes(fill=value1),color="black")+   scale_fill_manual(values = c("white","orangered","red2","red4"))+   scale_x_discrete(position = "top")+   theme(panel.background = element_blank(),         axis.title = element_blank(),         axis.ticks = element_blank(),         axis.text.x.top = element_text(angle = 90,                                        hjust = 0,                                        vjust= 0.5),         plot.title = element_text(hjust=0.5),         legend.position = "none")+   labs(title = "Plant growth and development")+   geom_text(aes(label=value1,color=value1))+   scale_color_manual(values = c("white","black","black","black"))

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好了,今天的内容就介绍到这里了,下一期推文介绍利用堆积柱形图给热图添加分组信息。如果需要本文的示例数据,直接在文末留言就好了

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